La comuna de Santa Juana debe su nombre al de la esposa del Virrey del Perú don Diego Fernández de Córdoba y Arce, bajo cuyo gobierno se construyó el Fuerte que dió origen a la villa. Tiene actualmente una población de 13147 habitantes (censo 2002), repartidos equitativamente entre hombres y mujeres. La superficie comunal es de 720,75 km2. Este antiguo valle de Catirai, era uno de los pasos por los cuales los mapuches bajaban a través del vado de Talcamávida, por lo tato fue un lugas estratégico en la guerra de Arauco.
La primera ocupación española de este territorio data de 1593, fecha en que Martín García Oñez de Loyola fundó el Fuerte de Chivicura al oeste de la confluencia de los ríos Bío-Bio y Rele frente al Fuerte de Jesús de Buenuraqui para defender el paso del río. En 1594 el gobernador Martín García Oñez de Loyola fundó la ciudad de Santa Cruz de Oña o de Coya, en honor a su esposa, una princesa inca, ubicando esta fundación entre los ríos Rele y Bío-Bio, la que fue destruida por los mapuches en 1599, año del alzamiento en todo el territorio.
En 1605 se fundó Monterrey de la Frontera que tampoco subsistió, en esta zona los españoles tenían lavaderos de oro lo que justificó las fortificaciones y el poblamiento, a raíz de la sublevación indígena de 1655, también desapareció definitivamente, junto al Fuerte de Nuestra Señora de Halle, muy cerca de la nombrada Santa Cruz y que fue fundado por Alonso de Ribera en 1603.
El Fuerte de Santa Juana, el actual, se construyó en 1626 por orden del gobernador Luis Fernández de Córdoba y Arce, en el lugar donde hoy se levanta el pueblo. El nombre de Santa Juana de Guadalcázar fue en homenaje a la esposa del entonces virrey del Perú y tío del gobernador, Diego Fernández de Córdoba. El Fuerte fue ampliado por Martín de Mujica anexionándosele una pequeña iglesia y el caserío base de Santa Juana, que fue atacado inmediatamente por los mapuches en 1655.
El gobernador Manso de Velasco reforzó el Fuerte en 1739 con fosos entre el río y la laguna, además de apertrecharlo. En 1765 el gobernador Guill y Gonzaga le confirió el titulo de villa al pueblo, aunque el acoso de los indígenas no la dejó prosperar.
Una vez instalada la República, durante la Guerra a Muerte, Santa Juana se vio asolada por las tropas de Vicente Benavides que, derrotado en Vegas de Saldías, mantuvo un refugio en Curalí a ocho kilómetros al sur del Fuerte. A fines de abril de 1819 el Coronel Freire atacó a Benavides, logrando su huida.
Santa Juana sufrió violentamente el terremoto de 1835, fue destruido el pueblo en su totalidad y significó la ruina para sus habitantes. En 1841 se repartieron los sitios del nuevo pueblo y el trazado de sus calles. En 1826 se había creado el Departamento de Lautaro con capital en Colcura, pero en 1841 y a raíz del terremoto, la capitalidad pasó a ser Santa Juana. El 17 de diciembre de 1852 se crearon las provincias de Arauco y Bío-Bio, lo que hizo perder Arauco y Nacimiento al departamento de Lautaro. Santa Juana dejó de ser capital de departamento en 1865, cuando Coronel tomó ese puesto y el nombre del departamento debido a su creciente importancia económica por la incipiente industria carbonífera. La actual municipalidad de Santa Juana se creó el 13 de enero de 1891.
El terremoto de 1939 provocó la destrucción del 95% de las viviendas, el pueblo quedó completamente aislado y la acción del gobierno permitió la reconstrucción del algunos edificios públicos como la Municipalidad y en 1944 se reconstruyó la ex-escuela Nº12. El sismo de 1960 no provocó tantos daños, aunque destruyó el hospital que se trasladó a la Escuela Agrícola.
Los hermanos Clorinda y José Cardenio Avello legaron su fortuna a la comuna y con ella importantes obras como el mencionado Hospital Clorinda Avello, agua potable, luz eléctrica, teléfono y farmacia entre otros. El terremoto de 1939 destruyó gran parte de esa obra.
A fines de la década de 1950 se inició la construcción del camino Concepción - Santa Juana, obra que se materializó en el año 1983 y que posteriormente fue concesionada por la Ruta de la madera, provocando múltiples accidentes por la mala gestión y cuidadao de la obra vial.
Las principales actividades económicas siempre fueron la agricultura, especialmente la tradicional mediterránea (trigo, vino, frutas y hortalizas , aunque en las últimas décadas se ha desarrollado la actividad forestal, contribuyendo a acrecentar ek desierto verde en nuestra región.
El Fuerte fue redescubierto en 1965, al desenterrarse parte de él por una compañía constructora, lamentablemente no tuvo la atención que merecía. En 1982 comenzaron los trabajos de restauración a través de un convenio entre la Intendencia Regional, Universidad de Concepción, Dirección de Turismo y Municipalidad de Santa Juana. El Fuerte es uno de los atractivos turísticos más relevantes, tiene también una hostería y miradores. El río Lía está a 8 kilómetros de Santa Juana, en el y sus esteros se instalan acampadas durante el verano, en un lugar apto para paseos y la pesca.
En el último tiempo se ha vivido un rescate de la tradición campesina, vistos en fiestas como la del estofado de San Juan, la Fiesta del Camarón o la Feria de la Miel, entre otras actividades ligadas al turismo campesino y gastronómico.
Su escudo corresponde a un medio partido y cortado, Bordura jaqueleada de gules y oro. En el primer partido, en campo de oro cinco flores de lis de azur , puestas en sotuer, que, conjuntamente con la bordura, representan los blasones familiares del capitán General y gobernador del reino de chile, entre los años 1625 y 1629, Don Luis Fernández de Córdoba, fundador del fuerte de Santa Juana. En el segundo partido, ondas de azur y plata, que representan la laguna Rayenantú y el rió Bio-Bio, elementos naturales que circundan el fuerte. en punta, sobre campo de gules, que representan la sangre española y araucana, derramada en los asedios y defensa de Santa Juana, un castillo de plata con tres torres almenadas, representando al fuerte Santa Juana de Guadalcázar, escudo timbrado con una corona mural de ocho torres, de oro, de las cuales cuatro van a la vista, macerardas de sable, que corresponde a las ciudades que se formaron en torno a la fortaleza.
